故事发生在第25代德川幕府将军德川庆子统治下的日本。德川家族成立了武夫学院，并组织了学生会来对抗仍在顽强抵抗的丰臣派。Yoshimoto Tsushiro（平川大辅配音）是武英学院的高材生。由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
