某电台举办广播剧剧本征选大赛,结果只有普通家庭主妇铃木美弥子(铃木京香 饰)一部作品提交并入选。该故事讲述的是热海一名主妇与渔夫的纯爱故事。午夜将近,直播在即。节目统筹牛岛龙彦(西村雅彦 饰)莅临现场,协调各个部门的运作。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。