边境能保护我们的总部免受由加洛普拉领导的袭击吗？加洛普拉正在领导大量的提埃纳人！？随着动画的发展，动画世界变得越来越热闹。
“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
卑鄙的大森正雄（吉田涉也饰演）在服刑后获释。出乎意料的是，他在街角被一名身份不明的人绑架，随后遭到殴打并昏倒。当毛雄再次醒来时，他似乎忘记了自己的名字和过去。
