20年后，人类社会面临着前所未有的灭绝风险——所有人类都失去了生育能力，而东欧和非洲国家则支离破碎，人口迁移到英国等富裕国家。然而，在英国国内，人们正陷入混乱和恐慌之中。每个人都对世界末日的到来感到焦虑和愤怒。
他的犬类智能伴侣“连”经常陪伴在他身边，他的朋友红雀（高桥宏配音）也很照顾他。然而，从那以后，苍野一直忍受着无法解释的头痛。与此同时，一款名为“Lime”的虚拟格斗游戏在岛上流行起来。一直对此不感兴趣的苍野，有一天在送货路上突然被一个神秘的人拉进了莱姆的陌生空间，被迫投入战斗。日益加重的头痛，肩上沉重的负担；神秘人物一再出现，都市传说“神隐”再次出现。苍野看似平静的生活，却在悄然发生着变化。这部动画改编自Nitro+CHiRAL于2012年发布的BL到AVG游戏。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
