故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开,这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里,主人公“一山编织者”虽然是男性,但却能够操纵is。因此,他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
高中三年级的夏天过去了,同学们接二连三确定了所要报考的学校。兴趣多多的樱田麻音(仪武佑子 配音)至今没有决定未来的方向,继承父母在大崎下岛经营的旅馆也在她的考虑范畴之内,不过麻音的父亲却宣称不希望将旅馆交给女儿。
司波达也(中村悠一 配音)和妹妹司波深雪(早见沙织 配音)是魔法高校的新生,深雪是能力优秀的“花冠”,而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中,兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡(内山夕实 配音)、文静胆小的柴田美月(佐藤聪美 配音)、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特(寺岛拓笃 配音)、认真努力的吉田干比古(田丸笃志 配音),在学习的过程中,存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。