三好假释的数日后,难波(中谷一郎 饰)被杀,幕后操纵者青木(若山富三郎 饰)转而求助广岛最大的组织海津组。以海津组为后盾,并联合难波组第二代头领野崎(室田日出男 饰),最终逼迫山守组组长(金子信雄 饰)退位。登上顶峰的青木成为众矢之的,险被暗杀开始图谋反击的三好、被迫退位阴谋复辟的山守以及誓为组长报仇的难波组第二代关胜(松方弘树 饰)等人全都伺机而动。一场搅和了阴谋与仁义的黑帮战争即将爆发……
主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗,在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后,身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助,从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德,而且他并非死于意外,而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人,快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日,快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇,而该组织正是他的杀父仇人,故事也由此正式拉开帷幕。
来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)威胁着地球上人类的安全。为了对抗Tanatos,人类正以国际太阳系开发署(ISDA)为出发点,秘密实施之前未知的开发计划“D项目”。