即使在被阿德尔袭击后,爱丽丝仍然相信杀死阿德尔的黑暗王子,并订立了一项“契约”,让世界和平共处。但他们的“协议”被黑暗之王践踏了。不仅是白人,还有黑人试图摧毁黑暗之王。发现这一点的黑暗王子在地下叹了口气,获得了飞越天空的力量,朝着爱丽丝的位置飞去。黑暗王子在镇压黑暗军队并向爱丽丝伸出援手的同时,宣布了世界末日
镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。
夜明向海崎提出,要他参加以尼特为对象的社会复归程序“ReLIFE”。其内容是,利用神秘的秘药,仅仅让外表回复年轻,并在一年内以高中生的身份去读高中——。