世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
为了给妹妹报仇，Heya进入了一所名为Denitix Academy的专门学校，该学校训练战士对抗外星实体。在学院里，学生被分为两类：潘多拉和支配者。就这样，Kazuya遇到了一群身体虚弱但异常强壮的女孩。其中，被称为最强潘多拉的夏蒂莱萨（由奈登美子配音）最让卡祖亚感到担忧。一次偶然的机会，Kazuya出乎意料地与她搭档。此外，还有甘妮莎（Hidamura秀吉配音）和神秘的西藏转学生拉娜·林琴（Huaze Caraway配音）这样骄傲温柔的女性。在战斗和学习的过程中，Kazuya下定决心揭开她姐姐的死亡之谜。
来自美国空军的传奇人物约翰逊·伊丽莎白·卡比奥·达佐（Sakaiya饰演）身着笔挺的军装，英俊的脸庞，天生的气质。他自称来自王室，是美国军队中勇敢而熟练的战斗英雄。但所谓的Kabio只是一个日本小骗子，他诈骗并依靠女性吃饭。
