三好假释的数日后，难波（中谷一郎 饰）被杀，幕后操纵者青木（若山富三郎 饰）转而求助广岛最大的组织海津组。以海津组为后盾，并联合难波组第二代头领野崎（室田日出男 饰），最终逼迫山守组组长（金子信雄 饰）退位。登上顶峰的青木成为众矢之的，险被暗杀开始图谋反击的三好、被迫退位阴谋复辟的山守以及誓为组长报仇的难波组第二代关胜（松方弘树 饰）等人全都伺机而动。一场搅和了阴谋与仁义的黑帮战争即将爆发……
只有首相山本（石破浩饰）意识到形势的严重性，并任命田所的前妻稻盛浩（毛代一饰）为危机管理大臣，领导田所博士及其团队努力拯救日本。很快，从北海道开始，日本群岛发生了大规模地质灾害，引起了日本全国的恐慌。政府对这场灾难不知所措，唯一的海外移民政策无法应对迅速恶化的局势。日本岛屿完全沉没的现实即将展开。最终，田中博士和他的研究团队终于找到了拯救日本的方法，但这种方法的实际操作充满了困难。。。这部电影改编自日本科幻小说家小松左司的同名畅销小说。这部电影耗资20亿日元，是近年来日本电影业投资最多、推广最广的灾难片。
