此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
世界观故事发生在一个既不能确定时间也不能确定地点的未来主义世界。世界是由高度发达的网络（软件）和超级计算机（硬件）组成的，它们是现实的载体。人类本应从技术的繁荣和发展中受益，但由于一场灾难，他们失去了连接互联网的资格和能力（相当于公民身份）。
根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族…… 本片根据荒川弘的漫画原著改编。
