但曾担任联合舰队上尉的哈洛克(Kokuri Seon配音)背叛了盖亚的制裁措施,并驾驶他的阿尔卡迪亚,升起了反政府军的旗帜,成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola(森川清治配音)指示他的弟弟Yama(三浦春马配音)潜入阿尔卡迪亚号,探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间,哈洛克带领他的船员接近地球,而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国,久违的真相,震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
停不下说谎的吹牛男人,卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家,托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆,翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女,拉尔戈。 小智、皮卡丘与他们相遇,驱动起大家的故事——。