为了满足自己珍爱的妹妹的希望，于是鲁鲁修对《CODE GEASS》系列的登场人物使用GEASS的力量。“鲁鲁修・V・不列颠尼亚命令，《CODE GEASS》的角色们啊，成为我所讲故事的登场人物吧，使我最爱的妹妹娜娜莉高兴！”就这样开始了《CODE GEASS》历史上最大规模的GEASS浪费，新的不思议之国的故事就此上演。
银河帝国贵族社会的腐败和自由星球联盟缺陷的集团政治，可以称之为民主，侵蚀了两国。之后，在8世纪末的万国历中，两位天才的出现推动了历史的发展。“获胜天才”莱因哈特·冯·罗扬克拉姆和被称为“不败魔术师”的杨伟力。两人率领帝国军队和盟军进行了一场未知的冲突。
2062年，在一个重大的劳动力自动化项目失败后，其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类，地球在20年后被摧毁。一个女孩，皇后，在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
