季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
故事发生在21世纪初,当时日本仍处于德川幕府的统治之下。柳宗郎(平川大辅配音)世代经营道场,而宗郎本人肩负着成为下一任领导者的重任。尽管宗朗是德川家康的附庸,但他对幕府的独裁统治和武夫学院对学生的暴力镇压非常不满。