原作来自辛奎的同名漫画,该漫画改编自吉布森的动画电影。这部电影在原作的基础上增加了一个后续的原创情节;尽管这部电影是一个原创故事,但它忠实地再现了原作的世界观,讲述了原作中的故事,在过去的10年里,这个故事已经成为一个成年人的“雫”和“Saint Si”。在梦想成为一名小说家10年后,清正(清正饰演)成为了一家出版社的儿童小说编辑。她放弃了自己的梦想,也放弃了Saiji(松坂隆饰演),继续在海外追求梦想的人,已经逐渐离开了。清吉已经开始努力工作,以重新找回他们相互鼓励、共同前进的初心。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。
革命历228年,E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷,将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内,信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位,被封为圣米迦勒骑士团的团长,即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感,时刻密切监视着他们。不久,联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往,等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……