“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
一位名叫寿日和(小仓唯 配音)的幽灵少女出现在了美月的身边,寿日和告诉美月,自己死于一场交通事故并且丧失了记忆,脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上,希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛,然而,对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月,夕哉究竟抱有着怎样的感情呢?