三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市,由此引发了严重的惨剧,而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁(Endymion)的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕,上条当麻(阿部敦 配音)和茵蒂克丝(井口裕香 配音)揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。很久以前,在无人居住的山区,建立了最新的人类研究中心。有一天,用于研究的主计算机突然意识到了这一点,并勃然大怒。人类不知疲倦地工作以防止暴乱并恢复和平。。。