命运中的相遇出现了，小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是，这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi（由加藤英美配音），并提出了一个特殊的要求，希望小圆能与它签约，成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在，肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励，丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中，小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽，而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级，关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。
它迅速在全球传播，成为一种交通工具、工业机械和战争机器。2015年，第一场以EXOFRAME为武器的战争爆发了，在看似有益和平的贸易背后，隐藏的真相是什么？
对于哥哥的失踪，鸣海步一直都耿耿于怀，他既想得知一直敬仰的哥哥的下落，又想弄清楚哥哥一直痴迷于研究的所谓的“诅咒之子”和“不为人知的真相”究竟是什么。鸣海步结识了学姐结崎雏乃（浅野真澄 配音），后者在校园中的巨大情报网络为鸣海步的追踪提供了便利。随着调查的发展，一个足以颠覆鸣海步的世界的真相渐渐地浮出了水面。 动画片改编自漫画家城平京的同名漫画，该作因其轻松的校园风格和严谨的推理在读者中积累了巨大的人气。
