柳生烈堂（大木实 饰）的三个儿子在追杀拜一刀父子的过程中接连战死，于是派出手里最后的王牌——善于使用手里剑的女儿香织（瞳顺子 饰）。最终仍难逃落败的命运。 愤怒的柳生烈堂找到自己庶出的儿子——土蜘蛛兵卫（木村功 饰）。
这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。 从异世界出现的怪物究竟是？它们的目的是？ 假面骑士铠武将如何拯救全人类的危机？他的对手骑士的命运会是？在混沌的现代社会，为贯彻信念而战，简直就是假面骑士的战国时代！用鲜艳的水果lock seed变身，厚重感满溢的骑士战斗要开始了!
大约三百年前的元禄十五年（1702年），第五代将军网吉实行安民政策，百姓生活平稳。年轻的武士青木宗左卫门（冈田准一饰）为了寻找杀父仇人金泽十兵卫（浅野忠信饰）远离家乡，从信州来到了江户。但他剑术差矣，实际上根本无法完成报仇。
