为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
尽管摇摆不定的村庄里所有的客人都是女性，但董孔玉最终还是在这里找到了立足点。天真可爱的花Yonaga（岛川美由纪配音），每天沉迷于妄想症的美少女偶像宫崎千寻（铃木由里配音），对怪物深恶痛绝的通灵忍者高桥赖（高桥赖配音），醉酒燕子男孩的后代，野霸Tsutomako（Yai Kazuma配音），还有那些和德川家康住在同一屋檐下的奇怪而美丽的女孩。
