他们在战后隐藏了行踪，不知是生是死，甚至让人无法确定他们是否真实存在过，无人知道真相，只有传言传播。 圣枪十三骑士团——纳粹德国的黑暗中诞生的超人们。 他们终将回归。其时世界将破灭。故，决不可允许他们的再来——这样一个传言。 然后61年的时光流逝。知道他们的存在的人，大部分已经死亡，众人忘记了他们。 然而—— 2006年……日本。就读諏訪原市的学园的藤井蓮，在某事件之后与好友・遊佐司狼决裂，仿佛厮杀般干架的结果是两个月的被迫入院生活。 季节由秋转冬——圣诞临近的12月。 怀着仿佛半身被夺的丧失感，退院的蓮想着要重新构筑没有司狼的崭新日常生活。 往者不可追。那么，至少要珍惜如今手中之物…… 但是，连这个愿望也分崩离析。 每晚梦见的断头台的噩梦。狩猎人头的杀人犯。追杀他的黑衣“骑士”们。超越常识的不条理覆盖城市，逐渐侵蚀。 这份异常完全不是两个月前能相比的，暴力到粉碎至今为止积累而成的全部事物的非日常。 不改变的话，没法活下去。不活下去的话，没法回去。 在以加速度疯狂下去的世界中心，蓮独自跨过日常与非日常的界线。 并没有期望什么了不得的事。也不是想高举正义与大义的旗帜。 只是，想回去而已。回到没趣、无聊然而平凡、温暖的那段时光。 胸怀悲壮的决意，司狼的声音回响。 只要还在这个城市，无论是谁迟早都要疯掉——他如是说。 与圣枪十三骑士团的战斗。充满狂气与杀戮与诅咒的战争的连续。 在那尽头，蓮究竟将会看到什么呢。
関わるまいとする涼だが、玲とチームを組むことになってしまい――
14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
