在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。这个世界上有比死亡更可怕的事情，在这个监狱里发生的事情绝对是其中之一。“出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这一信息，莫名其妙的事情接二连三地发生。当她的父亲来到监狱时，他告诉了她这个可怕的真相，以及“迪奥”这个名字“…许伦最终能走出这片被称为监狱的石海吗？最后的决战已经开始，乔斯达家族和迪奥之间长达一个世纪的命运决战即将结束！！
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
然而，从小就事事追求完美的南宫寒在国外一次谈判后发生了一场小事故，而这场小事故成为了南宫寒未来人生道路上的转折点。杜曼宁（金博翰饰演）原本想给交往五年的男友一个惊喜，但后来变成了噩梦。被一个南宫汉清洗过，而这个南宫汉本不应该出现在自己的计划中。几年后，当她独自一人和儿子一起面试一家公司时，她意识到自己的老板韩楠和自己的儿子有点相似。这只是幻觉吗？
