镇心镇的青少年年满10岁后，即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi（松本丽香配音）的10岁男孩，以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到，差点失去了挑选神奇宝贝的资格。有一天，由于一种名为“野兽”的生物的入侵，人类平静的生活结束了。当最后一个人类威廉（由新井良宏配音）从沉睡中醒来时，他发现500年过去了，威廉承载着人类延续的最后希望。在这个世界上，只有知道如何使用圣剑的怪物才能与野兽竞争。
