12年前,发生在林加德王国的事件,留下了一个巨大的谜团,正在从人们的记忆中被遗忘。随着时间的推移,主人公薇和莉娜的两个姐妹在阿纳斯蒂亚王国过着稳定的日常生活。一天,一架巨大的飞机袭击了阿纳斯塔西娅。以这一天为分界线,女孩们的命运被卷入了漩涡。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
拥有着可以制裁伤害人类的恶灵并将其送往彼世的能力的天才魔法律执行人六冰透及其助手草野次郎,一直以来都有为恶灵所困扰的人们来向他们求助。和圆宙继战斗过后数日,六冰和次郎从魔监狱返回,终于回到了自己的日常生活之中。