可是，监督他飞行的教官不是别人，竟是那个以严格著称的原田典嘉（时任三郎 饰），一想到这一点，铃木就在心里为自己暗暗捏了一把冷汗。 同样不安的还有新人空姐齐藤悦子（绫濑遥 饰），她所要面对的，是同事们望而生畏的乘务长山崎丽子（寺岛忍 饰），各种各样有关于她的传说轮番在悦子的脑海里上演，还未挨骂，悦子就已经感到泪水在眼眶里转动了。不幸的事情还是发生了，问题接踵而至，先是负责售票的木村菜系（田畑智子 饰）发现机票超售，之后，机务人员中村弘树（森冈龙 饰）在检查机体时又在更换零件上耽误的过多的时间。飞机的起飞时间眼看着就要临近，一切真的都没问题吗？
在北海道的一个小城市里，为市政府工作的小津（玉山铁二饰演）正和同事们一起深入茂密的森林。最近，他发现了一辆被遗弃的汽车，车内有一名中年男子和一条狗的骨头。除了沿途的几张小额消费券外，车内和车外都没有能够证明该男子身份的文件。
尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
