港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”,以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”,分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成,正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。高中二年级的春天,雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲,与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走,让其改过自新。