圣诞节前夕，无数人在卡森共和国自来水公司和哈里·曼达拉公司签署协议的大楼外抗议。就在这时，担任警卫的警察机动部队突然拔枪，对示威者进行了不分青红皂白的屠杀。在血腥恐怖的事件背后，神秘的病毒“火花”若隐若现。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
小森朱梨（内田彩 配音）是一个身高足足有一米八的健壮女孩，参加了校田径部的她是队内的种子选手，深得同伴和教练的信赖。虽然小森外表看上去不好接近，但实际上个性却非常善良，对于他人的请求，小森无论如何都无法拒绝，虽然这样的特质给她惹出了不少的麻烦，却也令她在不知不觉之中掌握了很多他人鲜少能够掌握的特殊技能。 一头金发看上去好像一个不良少女个性却意外的单纯的西鸟惠（小泽亚李 配音）、小森的青梅竹马，沉默寡言深藏不露的根岸真子（长绳麻理亚 配音）、同班同学大谷九郎（竹下礼奈 配音），每天和好朋友们在一起，快乐的日常就此拉开序幕。
