庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。
在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。
在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣（高森奈津美 配音）。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门…… 本片根据名本格派推理小说家绫辻行人的原著及经清原纮漫画化的原著改编。
