2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
生活在人类和怪物之间忙碌的夏目,意外地在城市里与以前的同学团聚,从而回忆起被怪物纠缠的痛苦回忆。就在这时,夏目遇到了一个名叫Tsumura Ronglizhi的女人,她出现在了怪物的记忆中,这个怪物还给了她名字。