故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。一日,普通的女高中生元宫茜(川上友子 配音),以及好友森村天真(关智一 配音)和流山诗纹(宫田幸季 配音)三人被一枚红叶传送到了遥远的“京”。在那里,人们称茜为“白龙神子”,她能够使用自己体内寄存的龙神之力来保护京都免受恶灵的骚扰。