为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量,玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森,并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失,被封印上百年的力量开始复活,玛瑙丸变得愈加强大。与此同时,玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴,使犬夜叉一方陷入苦战;另一方面,戈薇的意识被玛瑙丸控制,她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印,之后更被桔梗推入枯井,穿越时空回到了现代……
在大正十二年,这些将出现在东京的夜晚。他们是潜伏在黑暗中的吸血鬼,啜饮着人类的鲜血,在这个世界上无形地生活了更长的时间。军队内部成立了第16特勤队来管理他们,通常被称为“零机关”。