在一个阳光明媚的日子里,草帽海盗队的同伴们正在海滩上悠闲地度假。然而,停泊在岸边的金色梅里号就在他们眼皮底下被盗了。一周后,他们仍在海上漂流上岸。在一段艰难的时期,路修和其他人遇到了小贼博罗德和阿基斯。
宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
黄历时代3015年,世界被两个超级大国之间的冷战撕裂,原本保护尼尔·卡米岛国的“红龙”发生政变,勃然大怒。为此,三国精英组成了一支名为“混合调查队”的部队,岛国的命运即将降临到他们身上