所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。Elia是一个在穗群小学学习的普通女孩。有一天,她被万花筒魔杖的人造自然精灵“魔法红宝石”强迫签订了一份合同,成为了“魔法女孩伊利亚”。在万花筒杖前持有者Rin Kisaka的指挥下,她被迫帮助取回班级卡片