在遥远的未来,世界人口在达到峰值后将开始呈现下降趋势。为了确保物种的繁荣和生存,人类创造了用于管理生态系统的人工智能,并进行了“人类多样性实验”。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她,创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团,通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来,但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。