一名普通高中生佐藤由纪收到了一封来自一款闻所未闻的应用程序“达尔文游戏”的电子邮件。该应用程序是在一款游戏中推出的,玩家参与了一场由电力驱动的战斗。
吴明只是一个穷学者,但他身上散发着致命的吸引力。三个姐妹都拜倒在他的脚下了。但三人很快发现,自从遇到吴明后,他们的技能日益下降,甚至到了难以保持人形的地步,这一切都与吴明有关。原来吴明的真身是一个梧桐神魔,通过消耗女妖来增强自己的神力。为了抵抗贪婪的梧桐魔,三姐妹找到了德高望重的道士。
故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天,東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的鬧鐘,踢開混亂的被鋪,低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾,光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。