值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
当巴达克再次醒来,却发现自己躺在一颗与贝吉塔行星极其相似的星球上,身边环绕的则是一群从未见过的外星生物。种种迹象表明,巴达克似乎意外回到了久远以前的贝吉塔行星——普朗特行星。 正当他倍感困扰之际,邪恶的外星人袭击普朗特,他们是宇宙海贼齐尔德的手下,妄想统治普朗特并夺取具有神奇治愈能力的药物。冷酷无情的巴达克不可避免地卷入宿命的战争之中……