郊外神社的神殿里，九位年轻武士在秘密开会，城代家老的外甥井坂（加山雄三饰）准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎饰）出现，告诉他们菊井才是背后的黑手。
鸟子请求功夫帮助她探索“内心世界”。她正在寻找一个在“内心世界”失踪的名叫“Ryue”的女人。为了探索、研究和赚钱，空鱼开始和鸟一起行动。他们两个踏入非日常生活的人遇到了各种奇怪的情况，危险的生存开始了。
恍如世界末日一般，洪水席卷地球，世界变成一片汪洋，空旷而孤寂。一位老人孤独地生活在这个世上，或凭栏远眺，或看看电视消磨时光，几无可以交流之人。水位不断上涨，老人只能不断加盖房子，宛如摞积木一般，房子有如矗立在深海中的巨塔。
