2062年,在一个重大的劳动力自动化项目失败后,其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类,地球在20年后被摧毁。一个女孩,皇后,在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
一天,名为黑田砂雪(千菅春香 配音)的女生突然找到了文太郎,砂雪是学校里如同明星一样闪耀的存在,同时也是文太郎一直默默暗恋着的对象,她找到文太郎究竟是为了什么呢? 原来,文太郎曾经写过的一个剧本深深的吸引了砂雪,砂雪希望文太郎能够协助自己制作美少女游戏,在半推半就之中,文太郎入了伙,但是对于游戏制作的基本流程,文太郎一无所知。同样参与游戏制作的还有文太郎的青梅竹马早川夕夏(花泽香菜 配音)和完美主义者安东映叶(明坂聪美 配音)等人。
对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她,创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团,通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来,但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。