在经历了动荡的明治维新之后，日本迎来了一个新时代。明治政府执政的第十年，东京弥漫着不祥的气氛。善良的实业家武田观六（川川朝日饰演）操纵女医生高鹤慧（仓井优饰演）开发新型鸦片，公开招揽贫困战士，购买周边土地，系统地实现自己的雄心壮志。
继第一季之后，《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容，在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆（《怨声载道》饰）和井上升（《财富无限》饰）纷纷加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面，初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外，官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者继续在黑暗世界中游荡。
本作背景设置在15年前性行为管控法制定以来，性行为成为违法行为的日本。主角·犬田光（小宫璃央）是令和星仰学园的高二优等生。他和在年级里同为对手的发小·水濑优（川津明日香）过着每日勤奋学习的生活。
