在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」,第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」,这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」,所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。悲伤的爱德华和阿方斯兄弟试图用炼金术的最大禁忌——人体炼金术来拯救他们死去的母亲,但他们遭受了巨大的灾难。阿尔方斯失去了自己的身体,他的灵魂被盔甲囚禁,而爱德华则以右臂和左脚为代价,迫使他的弟弟停在黑社会的门口。