2048年,经过中央政府管理的人工智能筛选,一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”,前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而,人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期,使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时,他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来,他一直想回到地球,摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失,飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流,他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而,经过2万年的进化,地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统,完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗?庆雄的命运会怎样?
新世历179年,一艘来历不明的巨大物体冲入地球,坠落在南亚得里亚岛。 人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时,以比安.佐尔达克博士为首,科学家们对这一天外来客进行了调查。
鸣海孝之(谷山纪章 配音)、平慎二(青木城 配音)和速濑水月(石桥朋子 配音)是学生时代的好友,毕业在即,三人亦即将奔向不同的未来。某日,鸣海孝之结识了名叫凉宫遥(栗林美奈实 配音)的少女,在速濑水月的牵线搭桥下,鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。