拥有雨男体质的千叶（金城武 饰）十分热爱音乐，但他同时又是负责意外死亡的死神。他通常在死者的末日前7天现身，通过一周近距离的观察最终决定这个人的生死。这一天他锁定了新的目标，一个长相平平、生活充满悲伤和绝望的上班族藤木一惠（小西真奈美 饰）。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
新宿攻防戦後のシノア隊。休息もつかの間、グレンから課せられた次なる任務は、謎の吸血鬼シャハルにさらわれた少女・リコを救出し家族の元へつれ帰ること。優一郎達はリコを救出できるのか?! シャハルの元にはフェリドとクローリーが現れ･･･。
