他们有梦想。有一天，梦想着飞向广阔的天空。知道玻璃覆盖的天空有多远。遥远的未来。人类在废弃的土地上建造了流动的堡垒城市“种植园”，并在赞美文明。那里建造的司机生活设施，被称为“迷雾”，也就是通常所说的“鸟笼”。孩子们住在那里。
命运中的相遇出现了，小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是，这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi（由加藤英美配音），并提出了一个特殊的要求，希望小圆能与它签约，成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在，肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励，丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中，小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽，而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级，关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。
一次偶然中，驱与由佳被传送到了一个天上有一轮红色月亮的异世界，在这里，他们成为了一些外形可怖的怪物的猎杀对象。好不容易死里逃生回到原来世界的驱发现，那个被称为“赤夜”的时空正在慢慢侵蚀正常的世界。 共有七人被卷入“赤夜”战争，他们的共同点便是均为绫女丘市虹绫馆学园的学生，为了生存，为了查明事件的真相，也为了保护自己所爱的人们，这命运选定的六人必须齐心协力，共同战斗。
