在第二季中,主人公七濑遥(岛崎信长 配音)以及好朋友橘真琴(铃木达央 配音)成为岩鸢高中三年级生,他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部,另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚(代永翼 配音)和怜(平川大辅 配音),积极准备着全国大赛的训练。 与第一季相比,本季最大的看点,就是新角色山崎宗介(细谷佳正 配音)的登场。他是凛(宫野真守 配音)小学时代的好友,游泳实力强劲,转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部,两支接力队伍,在未来的全国赛上,会碰撞出什么样的青春水花?
另一方面,第二位王子苏纳泽尔与黑骑士队取得了联系。他向范、藤田和其他人透露了ZERO的秘密,ZERO动摇了他们的统治。战争进一步加剧,吞噬了每个人的愤怒、悲伤、坚持和欲望。我们现在应该为未来做什么?这是《零城之魂歌》。埋葬充满仇恨的旧时代,为新时代祈祷。鲁鲁修和朱雀的故事迎来了一个充满挑战的明天。