故事发生在未来世界，一种名为“巨大”的生命体凭空出现，将人类的命运带到了灭绝的边缘。此时此刻，世界各国联合起来发明了可以与庞格竞争的武器，而只使用这些武器的女孩名叫莉莉。
小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
超级盗贼集团the Works的老板托马斯·道森（尼克·泰特饰演）即将退休。在一次挑选继承人的晚宴上，一伙身份不明的暴徒突然闯入并杀害了他们。
