2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。 而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……
“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。