所有的动植物都有哥斯拉细胞，成为“怪物星球”的地球。这里的国王是历史上最大的哥斯拉“哥斯拉地球”，高度超过300米。英雄庆南点燃了对哥斯拉的讨伐，他遇到了人类福图亚的后代。在Futuya的双胞胎姐妹Maina和Miana的指导下，庆南等人发现了哥斯拉的决定性武器——机械哥斯拉——的遗骸，该武器仍在扩散。他们使用构成残骸的纳米金属发射了武装堡垒城市的“机械哥斯拉城”，并挑战了“哥斯拉地球”。在这场战斗中，之前共存的外星种族之一比尔沙尔德和人类之间的裂痕逐渐显现。与比尔沙尔德领导人加尔格“如果你想推翻哥斯拉，你必须超越‘人’的存在”的信念相反，阳光人不能放弃“你不能为了推翻怪物而把自己变成怪物，你应该作为‘人’来打败它”的信念。最后，庆南放弃了击败“哥斯拉地球”的唯一机会，杀死了加尔格。另一方面，Haruna的青梅竹马Yoko也因Bilshard对人体进行的强制纳米化而陷入脑死亡状态。失败感和虚无感在人类中蔓延。另一方面，外星人，宗教种族Echever的大主教Metphis，主张哈鲁纳从战斗中幸存下来是一个“奇迹”，并因此增加了他的追随者。这是为了实现埃克塞特隐藏的“终极目标”。米安娜和美娜对这样的埃克斯维尔保持警惕。此外，庆南还问自己，作为一个“人”，应该做什么。很快，在无人能敌“哥斯拉地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，惊天动地的超次元大战开始了。什么是“哥斯拉”？一个人应该做什么？庆南眼中的未来是。在最后一章中，一切都会明朗起来。
むかしむかし。日出国の神様は、生まれたばかりのこの地を守るために十二の神の使いを選ぶお祭りを催しました。十二支に選ばれた干支娘たちは、この地を永きに渡り守ってきました。選ばれなかった猫と共に。
在距离东京300公里的凤凰岛上，一名男子被马踩踏致死。没想到，他的老搭档杉田优（水谷裕太饰）的Kobe Zun（菊川光博饰）找到了他。最初，这个私人小岛是为一个有自卫队背景的民兵组织提供训练基地，该组织似乎涉嫌制造生化武器。
