四处云游修行的绯牡丹阿龙（藤純子 饰），偶然在上州伊香保卷入一场博徒间的殴斗。阿龙出手干预，由此惹上了当地的黑帮久保田组。赌场内，阿龙和久保田组剑拔弩张，多得来自武州熊谷的结城组组长菊太郎（鶴田浩二 饰）挺身相助。
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
