在那次事故之后，我妻由乃（村田知沙 配音）恢复了平常的生活。炎炎夏日，她所在的学校组织了海滨夏令营，在碧海蓝天之下，由乃和日野日向（松冈由贵 配音）、野野坂真央（由加奈 配音）、高坂王子（白石稔 配音）等好友快乐玩耍，享受着青春瞬间。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
未婚妻大冶（张国荣饰）在香港交通事故中去世后，唐（张京子饰）认为自己已经失去了幸福感，生活质量开始显著下降。为了履行她与大叶在香港所作的承诺，她不情愿地整理了自己的情绪，独自来到了悲伤之城。
