五岁时，一个可靠的年轻女孩，名叫小花玲（由高野麻莉卡配音），已经出道十年了，也是一个新人，想发展成为一个偶像风格的配音演员。一天，在一家动画试镜工作室，双叶遇到了这两个年轻女孩。同样的兴趣很快让三个单纯可爱的女孩走到了一起，成为了相互依赖的朋友。尽管通往梦想之地的道路崎岖不平，但只要有朋友陪伴，这段旅程也会增添很多幸福和快乐。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
