他的朋友Friday（村濑武配音）在生前追求朋友的意愿，英年早逝。华生违反了政府规定，偷偷地把他变成了一具尸体。沃森的举动使他卷入了一个名为“沃辛厄姆”的间谍机构。周五，他们一起踏上了前往阿富汗的旅程，寻找弗兰肯斯坦博士拥有的《维克多的故事》，弗兰肯斯坦记录了制造有意识尸体“the One”的方法。目前，最有可能拥有一位手工记者的是一位名叫卡拉马佐夫的牧师（由三木真一郎配音）。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
